ISO28000認證是國際標準化組織針對供應鏈安全制定的標準，AEO認證則是WCO和各國海關組織制定和推行的認證經營者的標準。
AEO認證的申請者是所有參與國際供應鏈各環節且有獨立法人資格的實體。從這一點來說，AEO認證是有一定申請門檻的，認證時間相對會比較長。目前我國的AEO認證比較適合有一定的進出口量且進出口作業比較復雜，有明確的海關利害需求，需要規范關務有關的作業，存在一定的海關管控風險并有可能加劇，以及國外客戶有指定需求的企業。
而ISO 28000可以作為企業結合政府及海關安全要求提供認證的平臺， 建制系統完成后，不論各國海關或各國客戶采用怎樣的安全要求及規范，都可整合納入系統中運作，節省因滿足不同安全要求而花費的成本。因此，相對來說，ISO28000認證現階段適合的企業范圍更大，不論大小企業、是否法人單位，都適用
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