PEFC認證的費用主要包括直接費用和間接費用：
直接費用---直接費用是認證本身的費用，如PEFC認證評估和審核費用、認證人員的工資和差旅費等，這種費用是固定的。
間接費用---間接費用是要達到認證標準所需的額外費用。如調整森林經營長遠規劃和森林操作規程、提高森林的經營水平、對生產人員進行培訓等的費用，達到PEFC認證的要求而花費的勞務工時和文件等費用。
PEFC認證的費用取決于以下幾個因素：
①認證面積。一般地說，林地面積越大，認證費越高，但認證費并非成正比例的增加，通常申請認證的林地面積越大，則單位林地面積的平均認證費越少，因此營林者應盡可能一次性地將符合條件的林地都包含進去，以降低認證成本。切忌一小塊一小塊地分開認證。
②位置的分布是分散還是集中。林地越分散，審核人員需要去看的地方越多，路程和時間都會比較多，因此費用自然比較高。
③認證公司的遠近。認證機構如果遠隔重洋，認證人員到達現場的差旅費自然高很多。現在在國內并沒有認證公司的常設機構，相對近一些的也只有一些認證公司設在亞洲國家的分支機構。
④認證隊伍中外國專家的人數。認證隊伍中的外國專家主要來自于歐美等發達國家，他們工資水平高出幾個數量級，而且他們從國外到達林地現場的交通費用也高很多。國內專家的報酬則低很多。因此認證隊伍中有一個外國專家或兩個外國專家對認證費的影響是很大的。
⑤認證公司期望賺取的利潤。這方面的差距惟有進行多方面比較才能得出。
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